Il 5 febbraio il corpo senza vita della 16enne venne ritrovato proprio nel Canyon di Tuvixeddu, ai piedi di una rupe alta 30 metri, un luogo "che Manuela non conosceva, che non poteva assolutamente essere conosciuto da una ragazza", secondo i familiari. I genitori e i fratelli sin da allora non hanno mai creduto alla tesi del suicidio. Molti gli elementi che non li convincevano, tra cui la suola della scarpa pulita, i segni di violenza sul corpo e, in particolare, quelli sul collo. Per altro, sempre secondo i familiari, quell'area era recintata perché è zona militare, abitata da famiglie della Marina militare, ma nessuno fu sentito dagli inquirenti.
Sin da subito il caso risultò di difficile soluzione. In particolare, hanno sottolineato i familiari, a far pensare che Manuela sia stata uccisa ci sono una serie di elementi tra cui i tagli rinvenuti sulla schiena, nonostante i suoi vestiti siano stati ritrovati intatti. Per di più, pare ci fossero anche segni di una colluttazione precedente. "Questo è evidente perché tutti i segni, i tagli e gli ematomi, causati da un corpo contundente, sono sulla parte posteriore ma Manuela è stata trovata prona e senza danni in zona facciale", hanno fatto sapere i parenti.
Non si sa tuttavia se la giovane abbia subito o meno violenza sessuale prima del decesso. Inoltre, nello stomaco della 16enne sarebbero state trovate tracce di semolino, che però non mangiò a casa prima della scomparsa. Manuela mangiò la minestra tra le 14:30 e le 15 mentre l'ora della morte è stata collocata tra le 18 e le 20.