A settembre 2000 vanno a processo quattro generali dell’Aeronautica, accusati di “concorso in alto tradimento mediante attentato continuato contro gli organi costituzionali”, in relazione ai depistaggi delle indagini: sette anni e tre gradi di giudizio dopo, i generali saranno tutti assolti e le altre posizioni prescritte.
Nel 2008 i familiari delle vittime citano in sede civile i ministeri della Difesa e dei Trasporti per le “omissioni e negligenze” che avrebbero ostacolato la ricostruzione giudiziaria dei fatti.
Lo stesso anno, l’ex capo dello Stato, Francesco Cossiga, che all’epoca dei fatti era presidente del Consiglio, in diverse dichiarazioni a organi di stampa afferma che “Giuliano Amato, allora sottosegretario, mi disse che erano stati i francesi ad abbattere l'aereo di Ustica”: i due verranno sentiti dalla Procura di Roma, che deciderà di riaprire l’inchiesta. Non è chiaro cosa abbia spinto Cossiga a cambiare versione, dopo anni passati a parlare di “cedimento strutturale” e “normale incidente aereo”.
Due anni dopo sarà ancora più specifico, intervistato dagli autori del film-inchiesta Sopra e sotto il tavolo, e parlerà esplicitamente di “un aereo francese” che “si era messo sotto il Dc9, per non essere intercettato dal radar” di un “aereo libico che stava trasportando Gheddafi”, l'uomo che detenne in potere in Libia dal 1969 al 2011, “a un certo punto lancia un missile per sbaglio, volendo colpire l’aereo del presidente libico”.
Il 12 settembre 2011 termina il processo civile contro i ministeri della Difesa e dei Trasporti, con la condanna, confermata negli anni successivi dalla Cassazione, a risarcire oltre 100 milioni ai parenti delle vittime. Nelle motivazioni, i giudici accreditano con fermezza la ricostruzione per cui quella sera sopra il Tirreno ci fosse un’azione di guerra, che coinvolgeva tre diversi veicoli militari: “Tutti gli elementi considerati - scrive la giudice, Paola Proto Pisani - consentono di ritenere provato che l'incidente si sia verificato a causa di un intercettamento, realizzato da parte di due caccia, di un velivolo militare precedentemente nascostosi nella scia del Dc9, al fine di non essere rilevato dai radar, quale diretta conseguenza dell'esplosione di un missile lanciato dagli aerei inseguitori contro l'aereo nascosto, oppure di una quasi collisione verificatasi tra l'aereo nascosto ed il Dc9”.
Il 20 aprile 2014 l’allora presidente del Consiglio Matteo Renzi annuncia l’avvio della desecretazione dei documenti in possesso dello Stato sulle stragi, Ustica compresa.
Il 20 dicembre 2017 il Corriere della Sera e la trasmissione di La7 Atlantide riportano la testimonianza di Brian Sandlin, che all’epoca dei fatti era marinaio sulla portaerai americana Saratoga: quella sera, afferma, assistette dalla plancia della nave ancorata vicino al Golfo di Napoli, al rientro di due caccia Phantom disarmati, scarichi. Sarebbero serviti ad abbattere altrettanti Mig libici (come quello ritrovato in rottami sulla Sila) in volo proprio lungo la traiettoria aerea del Dc-9. "Quella sera - racconta l'ex marinaio - ci hanno detto che avevamo abbattuto due Mig libici. Era quella la ragione per cui siamo salpati: mettere alla prova la Libia”.