Il processo a suo carico è per omicidio plurimo nei confronti delle cinque donne. Marco si dichiara colpevole di tre omicidi ma negherà sempre un qualsiasi coinvolgimento con i casi di Anna Maria Cipolletti, la seconda vittima, e Renate Troger, la quarta vittima. Viene stabilita la sua estraneità rispetto ad altri omicidi molto simili avvenuti in zona e nello stesso periodo.
L’8 marzo 1994 Marco Bergamo viene condannato per tutti e cinque gli omicidi, anche per Cipolletti e Troger per similitudini con gli altri tre. Bergamo si è sempre dichiarato innocente e ha sempre riferito che chi li ha commessi è potenzialmente molto più pericoloso di lui.
Il padre di Marco, Renato Bergamo, alla notizia che la trasmissione televisiva “Un giorno in pretura” avrebbe trasmesso il processo a carico di Marco, si è suicidato il 18 aprile del 1994.Passerà il resto della sua vita in vari istituti penitenziari, ottenendo solo qualche breve permesso ma mai uno stato di semilibertà vigilata o simili.
Nel settembre del 2017 si ammala e viene trasferito in ospedale, dove entrerà in coma e morirà il 17 ottobre del 2017. Si è proclamato colpevole di soli tre omicidi fino alla morte.