Sempre a dicembre 2022 l'attentatore di Papa Giovanni Paolo II, Ali Agca, ha inviato una lettera al fratello di Emanuela in cui dice: "I rapimenti di Emanuela e di Gregori furono decisi dal Governo vaticano ed eseguiti da uomini del Servizio segreto vaticano vicinissimi al Papa. La trattativa pubblica era ovviamente una sceneggiata ben orchestrata da pochi alti prelati operanti all’interno dei servizi vaticani. Emanuela Orlandi era un fatto tutto vaticano ed é stata presa in consegna da alcune suore fin dall’inizio, ha compreso l’importanza del suo ruolo e lo ha accettato serenamente. So di lei soprattutto grazie a un Padre spagnolo che mi ha visitato in Italia e anche qui a Istanbul. Un uomo, un religioso, animato da una fede autentica, che conosce i misteri del mondo e che non mente".
A commissione bicamerale iniziata, è tornato a parlare Ali Agca in alcuni videomessaggio in cui chiede di essere ascoltato dai deputati e dai senatori come persona informata sui fatti. "Sto per morire, vi dirò tutta la verità", ha detto nel primo videomessaggio. E dopo il rifiuto della commissione, una seconda volta, è tornato a parlare davanti alle videocamere. In questo nuovo videomessaggio ha accusato tutti, Vaticano compreso. "Si tratta di un rapimento – ha ribadito – Il padre Ercole Orlandi lo sapeva. Ma Emanuela sta bene. Forse un giorno la faranno santa".