Dopo la pista dell'attentatore, è stata aperta quella sulla banda della Magliana. A rapire la ragazza, sarebbe stato un vero e proprio commando di uomini, mandato su ordine di Renatino De Pedis. Lo confermerebbero anche Marco e Salvatore Sarnataro, un amico di Emanuela e suo padre. Marco, morto nel 2007 all'età di 46 anni, avrebbe confessato al padre il ruolo nel rapimento dell'amica e lui, Salvatore, si sarebbe presentato a piazzale Clodio per riportare le parole del figlio: ad ordinargli il rapimento sarebbe stato Enrico De Pedis, detto Renatino, il boss della banda della Magliana.
Il primo a sollevare la pista della banda della Magliana è stato Accadi, uno dei mitomani delle telefonate, dopo aver chiamato Chi l'ha visto?. Il rapimento di Emanuela, però, sarebbe stato la risoluzione di un problema che riguardava un alto prelato vaticano. Come ricompensa, avrebbe concesso a De Pedis un sepolcro in Sant'Apollinare: anni dopo, proprio dentro la basilica sono stati ritrovati i resti del boss, ma nonostante le testimonianze della sua ex amante Sabina Minardi, non è mai stato dimostrato il suo coinvolgimento diretto. Dopo anni di indagine sotto il capo della procura Giancarlo Capaldo, il suo successore, Giuseppe Pignatone, ha deciso di archiviare il caso.
In tempo recenti, l'ex procuratore capo di Roma Capaldo, ha fatto riferimento ad una vera e propria trattativa segreta relativa alla scomparsa di Emanuela Orlandi e alla sepoltura di Enrico De Pedis. In una trasmissione televisiva, ha parlato di nuovi elementi da comunicare nelle opportune sedi: quando era titolare dell’inchiesta relativa alla scomparsa di Emanuela Orlandi, ha continuato Capaldo, alcuni esponenti vaticani gli avrebbero chiesto di eliminare l’attenzione negativa che la stampa riservava allo Stato pontificio e, anzi, di aprire la tomba di De Pedis per eliminare qualsiasi collegamento.