Secondo alcuni, sarebbe collegato alla scomparsa della ragazza anche il caso Roberto Calvi, giornalista e banchiere del Banco Ambrosiano trovato morto impiccato il 18 giugno 1982, a due anni quasi esatti del rapimento di Emanuela, sotto al Ponte dei Frati, sul Tamigi, a Londra.
La scomparsa di Emanuela, già uno dei più grandi casi irrisolti della nostra storia, si incrocia con i grandi scandali delle cronache del secolo scorso. A partire dal 1980, il Banco Ambrosiano, ha dovuto affrontare due profonde crisi: la seconda un anno dopo, è nata a seguito della scoperta della loggia P2 quando Calvi sarebbe rimasto senza protezioni. È allora che sembra abbia chiesto aiuto al Vaticano e alla sua istituzione finanziaria, lo IOR. Nonostante questo tentativo, due mesi dopo è stato arrestato per reati valutari, processato e condannato. In attesa della condanna, però, è tornato in libertà e si è avvicinato a Flavio Carboni, legato a boss della mafia e i malavitosi della Banda della Magliana, con cui ha iniziato attività di riciclaggio di denaro sporco.
Questa pista prenderebbe in considerazione l'ipotesi di uno scambio di persona: al posto di Emanuela Orlandi, sarebbe dovuta essere rapita Raffaella Gugel, ragazza che le assomigliava molto e che abitava nel suo stesso palazzo. Anche il padre di Raffaella lavorava in Vaticano: era Angelo Gugel, assistente personale di papa Giovanni Paolo II e, ancora prima, stretto collaboratore di Marcinkus, il monsignore ex presidente dello Ior, proprio la banca vaticana. Il rapimento avrebbe dovuto intimare il Vaticano sul silenzio su certe questioni molto delicate, come quelle di natura finanziaria, che hanno visto il coinvolgimento di banche, mafia, partiti politici, come ha dichiarato dopo anni il figlio dello stesso Calvi. Come se non bastasse il collegamento con suo padre sarebbe da ricercare proprio in Carboni. in numerose società a cui era interessato, una dei soci sarebbe stata una certa Rita Gugel, forse (ma ad oggi non ci sono state conferme), imparentata con Angelo e sua figlia.